Байкаловский приход возник в начале XVII-го века. Первая церковь в селе была во имя Рождества Христова. Её история не известна, но упоминания о ней относятся к 1710 году. В начале XVIII-го века построена деревянная во имя пророка Илии, которая во время одного из пожаров сгорела. Вместо нее байкаловцы вновь построили деревянную Ильинскую же церковь. Но уже в 1779 г. недалеко от нее был заложен каменный храм с двумя приделами – главным в честь Покрова Божией Матери (освящен в 1800г) и северным Рождества Христова (освящен в 1797г.) В 1819 г.  был освящен еще один придел в колокольне в честь Рождества Иоанна Крестителя. В 1860г. деревянная церковь пророка Илии была разобрана. Но прежде был построен и в 1858г. освящен новый придел храма в честь пророка Илии.

С 1879г. по 1882г. была  предпринята перестройка храма.  Он  был  перестроен почти  полностью, значительно  расширен и поднят,  упразднен придел в колокольне,  а  северный  придел переименован в честь Рождества Иоанна  Предтечи.  От перестройки  сильно изменился и внешний вид храма. После перестройки приделы были заново освящены. Главный из них был освящен в 1800 году. Высота колокольни со шпилем достигала 51 метр, главный колокол по воспоминаниям старожилов было слышно за 7 верст в д. Малковой. К этому времени храм строился уже не только на пожертвования прихожан. У церкви были магазины и лавки, выручка которых употреблялась на благоустройство храма. Священники  же получали жалование из государственной казны.

К революции 1917г. в Байкалово служили уже три священника, которым помогали диакон и три псаломщика.  Сложились прочные традиции проводить ярмарки: трёхдневную к Празднику Крещения (19 января), недельные к Покрову  (14 октября) и Рождеству Иоанна Предтечи (7июля) 

Вопрос  о церкви серьёзно встал в мае 1925 году. Протоколом  №9 от 29 декабря 1929г. церковь постановили закрыть с последующей передачей под клуб. На протоколе стоит красноречивая пометка «Оглашению не подлежит». Церковь в 1930-е годы потеряла не только кресты, но и купол с колокольней. Здесь надолго поселился клуб,  а затем  Дом Пионеров.  

5 ноября 1992г. был зарегистрирован приход и в 1993 году здание церкви было возвращено верующим. Сейчас храм восстанавливается.